La dimensione della cavità diciclodestrinale molecole possono corrispondere alle molecole ospiti e i gruppi ossidrile ai bordi della cavità possono formare legami idrogeno con le molecole ospiti. La natura idrofobica dell'interno gli consente di incapsulare molecole lipofile. Di conseguenza possiede la capacità di riconoscere e interagire selettivamente con le molecole organiche. È stato applicato con successo in vari metodi cromatografici ed elettroforetici per separare vari isomeri ed enantiomeri.
Molti farmaci o i loro precursori hanno almeno un centro chirale e spesso un enantiomero è attivo mentre l’altro è inattivo o addirittura tossico. L'uso di ciclodestrina o polimeri di ciclodestrina migliora la tecnologia di separazione degli enantiomeri, in particolare con ciclodestrina modificata con molecole chirali. Ad esempio, Tang Kuowen et al. utilizzato-ciclodestrinapolimero come fase stazionaria, polidimetilsilossano come diluente e gascromatografia per separare isomeri posizionali e isomeri chirali di una serie di composti aromatici. I risultati sperimentali indicano che questa ciclodestrina mostra una forte capacità di riconoscimento chirale, dimostrando in particolare significative capacità di separazione per enantiomeri di alcheni, chetoni, esteri, ecc.
